被分立企业未超过法定弥补期限的亏损额可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企业继续弥补，选项D当选。

企业重组的一般性税务处理方法：

企业股权收购、资产收购重组交易,相关交易应按以下规定处理：

（1）被收购方应确认股权、资产转让所得或损失；（选项A错误）

（2）收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定；（选项C、D错误）

（3）被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。（选项B正确）

该题目符合特殊性税务处理：

甲企业取得非股权支付额对应的资产转让所得＝（12－10）×10000×90%×（3000÷108000）＝500（万元）。

符合特殊性税务处理的条件，可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额＝被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率＝1300×4.5%＝58.5（万元），小于未弥补亏损额，2024年甲企业弥补乙企业的亏损额为58.5万元。