企业重组的一般性税务处理方法：

企业股权收购、资产收购重组交易,相关交易应按以下规定处理：

（1）被收购方应确认股权、资产转让所得或损失；（选项A错误）

（2）收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定；（选项C、D错误）

（3）被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。（选项B正确）

企业重组的特殊税务处理，被收购企业的股东取得的收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定，选项D当选。

该题目符合特殊性税务处理：

甲企业取得非股权支付额对应的资产转让所得＝（12－10）×10000×90%×（3000÷108000）＝500（万元）。

对于100%直接控制的居民企业之间按照账面净值划转资产，符合条件可以选择按以下规定进行特殊性税务处理：

(1)划出方企业和划入方企业均不确认所得；（选项A、B正确）

(2)划入方企业取得被划转股权或资产的计税基础，以被划转股权或资产的原账面净值确定；（选项C错误）

(3)划入方企业取得的被划转资产，应按其原账面净值计算折旧扣除。（选项D正确、E错误）