企业重组的一般性税务处理方法：

企业股权收购、资产收购重组交易,相关交易应按以下规定处理：

（1）被收购方应确认股权、资产转让所得或损失；（选项A错误）

（2）收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定；（选项C、D错误）

（3）被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。（选项B正确）

符合特殊性税务处理的条件，可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额＝被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率＝1300×4.5%＝58.5（万元），小于未弥补亏损额，2024年甲企业弥补乙企业的亏损额为58.5万元。

对于100%直接控制的居民企业之间按照账面净值划转资产，符合条件可以选择按以下规定进行特殊性税务处理：

(1)划出方企业和划入方企业均不确认所得；（选项A、B正确）

(2)划入方企业取得被划转股权或资产的计税基础，以被划转股权或资产的原账面净值确定；（选项C错误）

(3)划入方企业取得的被划转资产，应按其原账面净值计算折旧扣除。（选项D正确、E错误）

该股权收购中乙公司股权支付金额占交易支付总额的比例＝6480÷（6480＋720）×100%＝90%，非股权支付比例＝1－90%＝10%。

（1）非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）＝（9－7）×1000×80%×10%＝160（万元）。

（2）甲公司股东取得乙公司股权的计税基础＝7×1000×80%×90%＝5040（万元）。

（3）乙公司取得甲公司股权的计税基础＝720＋1000×80%×90%×7＝5760（万元）。

综上所述，选项A、C、D当选。