选项A，尚未核发土地使用证书的，应由纳税人据实申报土地面积。

选项B，通过拍卖方式取得的建设用地，不属于新征用的耕地，纳税人应从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税；合同未约定交付土地时间的，从合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税。

选项C，对公租房建设期间用地及公租房建成后占地，免征城镇土地使用税。在其他住房项目中配套建设公租房，按公租房建筑面积占总建筑面积的比例免征建设、管理公租房涉及的城镇土地使用税。

该公司应缴纳耕地占用税＝（3000＋1000＋800）×12＝57600（元）。