交通违规罚款，属于行政性罚款，不得税前扣除，选项A当选。

（1）职工福利费实际发生35万元，扣除限额＝200×14%＝28（万元），应调增所得额7万元；

（2）工会经费实际发生3.5万元，扣除限额＝200×2%＝4（万元），无须纳税调整；

（3）职工教育经费：软件企业发生的职工培训费用4万元可以全额扣除；职工教育经费实际发生额＝8－4＝4（万元），职工教育经费扣除限额＝200×8%＝16（万元），无须纳税调整；

（4）补充养老保险实际发生12万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），应调增所得额＝12-10＝2（万元）；

（5）补充医疗保险实际发生8万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），无须纳税调整。

综上所述，应调增所得额为9万元，选项B当选。

采取商业折扣方式销售货物的，按扣除商业折扣后的金额确定销售商品收入金额，确认的销售收入＝40－3＝37（万元）。