（1）对内地企业投资者通过沪港通投资香港联交所上市股票取得的转让差价所得，计入其收入总额，依法征收企业所得税；

（2）对内地企业投资者通过沪港通投资香港联交所上市股票取得的股息红利所得，计入其收入总额，依法计征企业所得税。其中，内地居民企业连续持有H股满12个月取得的股息红利所得，免征企业所得税；

（3）对香港市场投资者（包括企业和个人）投资上交所上市A股取得的转让差价所得，暂免征收所得税。 综上选项D当选。

有关内地企业投资者及香港投资者通过沪港通、深港通买卖对方交易市场股票的税收政策：

（1）企业委托外部机构或个人进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方研发费用并计算加计扣除。因此甲公司第一、二阶段研发费用加计扣除计算基数＝（50＋500）×80%＝440（万元）。

（2）企业委托境外进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方的委托境外研发费用。委托境外研发费用不超过境内符合条件的研发费用2/3的部分，可以按规定在企业所得税税前加计扣除，委托境外进行研发活动不包括委托境外个人进行的研发活动。委托境外研发费用的80%＝1000×80%＝800（万元），境内符合条件的研发费用的2/3＝440×2÷3＝293.33（万元）。因此甲公司第三、四阶段研发费用加计扣除计算基数293.33（万元）。

（3）甲公司2025年加计扣除计算基数＝440＋293.33＝733.33（万元）。