选项D，企业发生的符合条件的实际资产损失，在当年因某种原因未能扣除的，准予追补至该项损失发生年度扣除；

选项E，公司制创业投资企业采取股权投资方式直接投资于种子期、初创期科技型企业（简称初创科技型企业）满2年（24个月）的，可以按照投资额的70%在股权持有满2年的当年抵扣该公司制创业投资企业的应纳税所得额；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣（没有5年限制）。有限合伙制创业投资企业（简称合伙创投企业）采取股权投资方式直接投资于初创科技型企业满2年的，该合伙创投企业的合伙人是法人合伙人的，可以按照对初创科技型企业投资额的70%抵扣法人合伙人从合伙创投企业分得的所得；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣（没有5年限制）。

居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税，该企业技术转让所得应调减应纳税所得额＝500＋（900－200－500）×50％＝600（万元），应纳税额＝（3000－400－1800－600）×25%＝50（万元）。

（1）企业委托外部机构或个人进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方研发费用并计算加计扣除。因此甲公司第一、二阶段研发费用加计扣除计算基数＝（50＋500）×80%＝440（万元）。

（2）企业委托境外进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方的委托境外研发费用。委托境外研发费用不超过境内符合条件的研发费用2/3的部分，可以按规定在企业所得税税前加计扣除，委托境外进行研发活动不包括委托境外个人进行的研发活动。委托境外研发费用的80%＝1000×80%＝800（万元），境内符合条件的研发费用的2/3＝440×2÷3＝293.33（万元）。因此甲公司第三、四阶段研发费用加计扣除计算基数293.33（万元）。

（3）甲公司2025年加计扣除计算基数＝440＋293.33＝733.33（万元）。