企业的免税收入包括：

（1）国债利息收入；

（2）符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益；

（3）在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益；

（4）通过沪港通、深港通投资持股满12个月取得的股息红利；（选项E正确）

（5）投资创新企业CDR取得的符合条件的股息红利；（选项D正确）

（6）符合条件的永续债利息收入；（选项A正确）

（7）非营利性科研机构、高等学校接收企业、个人和其他组织机构基础研究资金收入；（选项B正确）

（8）符合条件的非营利组织的免税收入。

因此选项A、B、D、E当选。

选项A，按规定，企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用进行区分核算，划分不清的，不允许加计扣除；选项E，对于企业委托外单位开发的研发费用，税法明确，由委托方加计扣除，受托方不得再进行加计扣除，而不是协商确定。选项B、C、D当选。

非居民企业取得的下列所得免征企业所得税：

（1）外国政府向中国政府提供贷款取得的利息所得；（选项A）

（2）国际金融组织向中国政府和居民企业提供优惠贷款取得的利息所得；（选项B、C）

（3）经国务院批准的其他所得。

综上所述，应当选择选项D。