选项A、C、D，企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得在企业所得税税前扣除；选项B，企业在筹建期间，发生的广告费和业务宣传费，可按实际发生额计入企业筹办费，并按有关规定在税前扣除。

（1）补充养老保险实际发生12万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），应调增所得额2万元；

（2）补充医疗保险实际发生8万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），不需要调整；

（3）职工福利费实际发生35万元，扣除限额＝200×14%＝28（万元），应调增所得额7万元；

（4）职工教育经费：软件企业发生的职工培训费用4万元可以全额扣除；职工教育经费实际发生额为8－4＝4（万元），职工教育经费扣除限额＝200×8%＝16（万元），不需要调整；

（5）工会经费实际发生3.5万元，扣除限额＝200×2%＝4（万元），可以全额扣除。

综上所述，应调增所得额为9万元，选项B当选。

甲企业应确认的股权转让所得＝1000－900＝100（万元）。