选项A，地方政府债券利息收入，属于免税收入；选项B，逾期未退包装物押金收入，应作为应税收入缴纳企业所得税；选项C，企业转让国债，应作为转让财产，其取得的收益（损失）应作为企业应纳税所得额计算纳税；选项D，县级以上人民政府将国有资产无偿划入企业，凡指定专门用途并按规定进行管理的，企业可作为不征税收入进行企业所得税处理。综上所述，选项A当选。

采取商业折扣方式销售货物的，按扣除商业折扣后的金额确定销售商品收入金额，确认的销售收入＝40－3＝37（万元）。

选项A，企业之间支付的管理费用不得税前扣除；选项B，非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得税前扣除，银行企业内营业机构之间支付的利息，可以税前扣除；选项D，烟草企业的烟草广告费和烟草宣传费，不得税前扣除。选项C当选。