选项A，地方政府债券利息收入，属于免税收入；选项B，逾期未退包装物押金收入，应作为应税收入缴纳企业所得税；选项C，企业转让国债，应作为转让财产，其取得的收益（损失）应作为企业应纳税所得额计算纳税；选项D，县级以上人民政府将国有资产无偿划入企业，凡指定专门用途并按规定进行管理的，企业可作为不征税收入进行企业所得税处理。综上所述，选项A当选。
非营利组织的下列收入为免税收入：
（1）接受其他单位或者个人捐赠的收入；
（2）除税法规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务而取得的收入；
（3）按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；
（4）不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入；
（5）财政部、国家税务总局规定的其他收入。
综上所述，选项B当选。
企业接受外部劳务派遣用工支出税前扣除问题：企业接受外部劳务派遣用工所实际发生的费用，应分两种情况按规定在税前扣除：按照协议（合同）约定直接支付给劳务派遣公司的费用，应作为劳务费支出；直接支付给员工个人的费用，应作为工资薪金支出和职工福利费支出。其中属于工资薪金支出的费用，准予计入企业工资薪金总额的基数，作为计算其他各项相关费用扣除的依据。
工资、薪金总额＝1000＋6×3000×12÷10000＝1021.6（万元）；
职工福利费扣除限额＝1021.6×14%＝143.02（万元）＜200万元；
职工福利费应调整应纳税所得额＝200－143.02＝56.98（万元）。
（1）补充养老保险实际发生12万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），应调增所得额2万元；
（2）补充医疗保险实际发生8万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），不需要调整；
（3）职工福利费实际发生35万元，扣除限额＝200×14%＝28（万元），应调增所得额7万元；
（4）职工教育经费：软件企业发生的职工培训费用4万元可以全额扣除；职工教育经费实际发生额为8－4＝4（万元），职工教育经费扣除限额＝200×8%＝16（万元），不需要调整；
（5）工会经费实际发生3.5万元，扣除限额＝200×2%＝4（万元），可以全额扣除。
综上所述，应调增所得额为9万元，选项B当选。
甲企业应确认的股权转让所得＝1000－900＝100（万元）。
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