选项D，经房屋所有人同意，使用者可以通过变更租赁合同，办理过户手续，交换房屋使用权；交换房屋的价值相等的不征收契税。

选项A，房屋产权交换，双方交换价值相等，免纳契税；选项B，以自有房产作股投入本人经营企业，免征契税。

选项C，非公司制企业改制为有限责任公司或股份有限公司，有限责任公司变更为股份有限公司，股份有限公司变更为有限责任公司，原企业投资主体存续并在改制（变更）后的公司中所持股权（股份）比例超过75%，且改制（变更）后公司承继原企业权利、义务的，对改制（变更）后公司承受原企业土地、房屋权属，免征契税。

选项D，非债权人承受破产企业土地、房屋权属，与原企业全部员工签订了服务期限不少于三年的劳动用工合同的，对其承受所购企业土地、房屋权属，免征契税。选项D中仅签订了2年的劳动合同，不满足条件，不得免征。