（1）职工福利费实际发生35万元，扣除限额＝200×14%＝28（万元），应调增所得额7万元；

（2）工会经费实际发生3.5万元，扣除限额＝200×2%＝4（万元），可以全额扣除；

（3）职工教育经费：软件企业发生的职工培训费用4万元可以全额扣除；职工教育经费实际发生额为8－4＝4（万元），职工教育经费扣除限额＝200×8%＝16（万元），不需要调整；

（4）补充养老保险实际发生12万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），应调增所得额2万元；

（5）补充医疗保险实际发生8万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），不需要调整。

综上所述，应调增所得额为9万元，选项B当选。

选项A、B，企业为投资者或者职工支付的商业保险费，不得扣除。

选项C，企业依照国家有关规定为特殊工种职工支付的人身安全保险费和符合国务院财政、税务主管部门规定可以扣除的商业保险费准予扣除。

选项D，烟草企业的烟草广告费和业务宣传费支出，一律不得在计算应纳税所得额时扣除。

选项E，企业发生的直接捐赠支出，不得在税前扣除。通过公益性社会组织、县级以上人民政府及其部门等国家机关，发生的符合法律规定的公益慈善事业捐赠支出，准予限额扣除。

选项A，企业职工因公出差乘坐交通工具发生的人身意外保险费支出，准予企业在计算应纳税所得额时扣除。

选项B，企业依照国家有关规定为特殊工种职工支付的人身安全保险费，准予扣除。

选项C，企业为投资者或者职工支付的商业保险费，不得在税前扣除。

选项D，企业依照规定为职工缴纳的“五险一金”，即基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等基本社会保险费和住房公积金，准予扣除。