股权转让收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。股权转让所得＝1000－700＝300（万元）。

（1）职工福利费实际发生35万元，扣除限额＝200×14%＝28（万元），应调增所得额7万元；

（2）工会经费实际发生3.5万元，扣除限额＝200×2%＝4（万元），无须纳税调整；

（3）职工教育经费：软件企业发生的职工培训费用4万元可以全额扣除；职工教育经费实际发生额＝8－4＝4（万元），职工教育经费扣除限额＝200×8%＝16（万元），无须纳税调整；

（4）补充养老保险实际发生12万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），应调增所得额＝12-10＝2（万元）；

（5）补充医疗保险实际发生8万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），无须纳税调整。

综上所述，应调增所得额为9万元，选项B当选。