下列资产损失应以清单申报的方式申报扣除：（1）企业在正常经营管理活动中，按照公允价格销售、转让、变卖非货币资产的损失；（2）企业各项存货发生的正常损耗；（3）企业固定资产达到或超过使用年限而正常报废清理的损失；（4）企业生产性生物资产达到或超过使用年限而正常死亡发生的资产损失；（5）企业按照市场公平交易原则，通过各种交易场所、市场等买卖债券、股票、期货、基金以及金融衍生产品等发生的损失。选项A当选。

选项A，属于专项申报的资产损失，企业因特殊原因不能在规定的时限内报送相关资料的，可以向主管税务机关提出申请，经主管税务机关同意后，可适当延期申报。选项A当选。

税法规定，以下股权和债权不得作为损失在税前扣除：（1）债务人或者担保人有经济偿还能力，未按期偿还的企业债权；（2）违反法律、法规的规定，以各种形式、借口逃废或悬空的企业债权；（3）行政干预逃废或悬空的企业债权；（4）企业未向债务人和担保人追偿的债权；（5）企业发生非经营活动的债权；（6）其他不应当核销的企业债权和股权；选项D当选。

企业内部证据主要包括：（1）有关会计核算资料和原始凭证；（2）资产盘点表；（3）相关经济行为的业务合同；（4）企业内部技术鉴定部门的鉴定文件或资料；（5）企业内部核批文件及有关情况说明；（6）对责任人由于经营管理责任造成损失的责任认定及赔偿情况说明；（7）法定代表人、企业负责人和企业财务负责人对特定事项真实性承担法律责任的声明。因此选项C、E当选。