选项A、B，居民企业取得禁止出口和限制出口技术转让所得，不享受技术转让减免企业所得税优惠政策；选项E，居民企业从直接或间接持有股权之和达到100%的关联方取得的技术转让所得，不享受技术转让减免企业所得税优惠政策。综上选项C、D当选。

（1）企业委托外部机构或个人进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方研发费用并计算加计扣除。因此甲公司第一、二阶段研发费用加计扣除计算基数＝（50＋500）×80%＝440（万元）。

（2）企业委托境外进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方的委托境外研发费用。委托境外研发费用不超过境内符合条件的研发费用2/3的部分，可以按规定在企业所得税税前加计扣除，委托境外进行研发活动不包括委托境外个人进行的研发活动。委托境外研发费用的80%＝1000×80%＝800（万元），境内符合条件的研发费用的2/3＝440×2÷3＝293.33（万元）。因此甲公司第三、四阶段研发费用加计扣除计算基数293.33（万元）。

（3）甲公司2025年加计扣除计算基数＝440＋293.33＝733.33（万元）。

下列活动不适用税前加计扣除政策：

（1）企业产品（服务）的常规性升级；（选项D）

（2）对某项科研成果的直接应用，如直接采用公开的新工艺、材料、装置、产品、服务或知识等；

（3）企业在商品化后为顾客提供的技术支持活动；

（4）对现存产品、服务、技术、材料或工艺流程进行的重复或简单改变；

（5）市场调查研究、效率调查或管理研究；

（6）作为工业（服务）流程环节或常规的质量控制、测试分析、维修维护；

（7）社会科学、艺术或人文学方面的研究。