收入总额中的下列收入为不征税收入：

（1）财政拨款，是指各级人民政府对纳入预算管理的事业单位、社会团体等组织拨付的财政资金；

（2）依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金；（选项B）

（3）国务院规定的其他不征税收入——专项用途财政性资金；

（4）对社保基金取得的直接股权投资收益、股权投资基金收益；

（5）承接主体将转让划转的国有股权及现金收益投资取得的收入。

选项A，企业取得的国债利息收入，属于免税收入；选项C，企业收到的出口退税款不属于企业收入总额，在会计上应冲减相关税费科目，在税法上不计入应纳税所得额；选项D，企业收到地方政府未规定专项用途的税收返还款收入一般确认为应税收入；综上所述，选项B当选。

非营利组织的下列收入为免税收入：

（1）接受其他单位或者个人捐赠的收入；

（2）除税法规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务而取得的收入；

（3）按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；

（4）不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入；（选项B）

（5）财政部、国家税务总局规定的其他收入。

综上所述，选项B当选。

甲企业应确认的股权转让所得＝1000－900＝100（万元）。

常见企业所得税不征税收入包括：

（1）财政拨款；

（2）依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金；（选项D）

（3）国务院规定的其他不征税收入——专项用途财政性资金；

（4）社保基金取得的直接股权投资收益、股权投资基金收益；

（5）承接主体将转让划转的国有股权及现金收益投资取得的收入。