选项A，企业之间支付的管理费用不得税前扣除；选项B，非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得税前扣除，银行企业内营业机构之间支付的利息，可以税前扣除；选项D，烟草企业的烟草广告费和烟草宣传费，不得税前扣除。选项C当选。

选项A，企业从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡同时符合以下条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：

（1）企业能够提供规定资金专项用途的。

（2）财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求。

（3）企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。

选项B，企业因购买国债所得的利息收入，免征企业所得税。

选项C，非营利组织接受其他单位或者个人捐赠的收入，为免税收入。

（1）第一季度计算应纳税所得额时，不得扣除的借款利息＝3×60÷200＝0.9（万元）。

（2）第二季度计算应纳税所得额时，不得扣除的借款利息＝3.5×24÷200＝0.42（万元）。

（3）不得扣除的借款利息合计＝0.9＋0.42＝1.32（万元）。

（4）甲企业第一、二季度可以扣除的借款利息＝3＋3.5－1.32＝5.18（万元）。