（1）职工福利费实际发生35万元，扣除限额＝200×14%＝28（万元），应调增所得额7万元；

（2）工会经费实际发生3.5万元，扣除限额＝200×2%＝4（万元），无须纳税调整；

（3）职工教育经费：软件企业发生的职工培训费用4万元可以全额扣除；职工教育经费实际发生额＝8－4＝4（万元），职工教育经费扣除限额＝200×8%＝16（万元），无须纳税调整；

（4）补充养老保险实际发生12万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），应调增所得额＝12-10＝2（万元）；

（5）补充医疗保险实际发生8万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），无须纳税调整。

综上所述，应调增所得额为9万元，选项B当选。

企业从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡同时符合以下条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：

（1）企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件；（选项B）

（2）财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求；（选项E）

（3）企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。（选项D）

选项A，企业从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡同时符合以下条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：

（1）企业能够提供规定资金专项用途的。

（2）财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求。

（3）企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。

选项B，企业因购买国债所得的利息收入，免征企业所得税。

选项C，非营利组织接受其他单位或者个人捐赠的收入，为免税收入。

选项A，企业转让股权收入，应于转让协议生效且完成股权变更手续时，确认收入的实现。

选项B，以分期收款方式销售货物的，按照合同约定的收款日期确认收入的实现。

选项C，改变资产用途（如自建商品房转为自用或经营），作为内部处置资产，不视同销售确认收入。

选项D，销售商品需要安装和检验的，在购买方接受商品以及安装和检验完毕时确认收入。如果安装程序比较简单，可在发出商品时确认收入。