选项A，应税船舶在吨税执照期限内，因修理、改造导致净吨位变化的，吨税执照继续有效；选项B，船舶吨税由海关负责征税；选项D，纳税义务发生时间为应税船舶进入港口的当日。

（1）中国境内企业和非居民企业签订与利息、租金、特许权使用费等所得有关的合同或协议，如果未按照合同或协议约定的日期支付上述所得款项，或者变更或修改合同或协议延期支付，但已计入企业当期成本、费用，并在企业所得税年度纳税申报中作税前扣除的，应在企业所得税年度纳税申报时按照企业所得税法有关规定代扣代缴企业所得税。

（2）企业在年度纳税申报中扣除的租金费用为20万元，应代扣代缴企业所得税＝20×10%＝2（万元）。

如果交易合同或协议中规定租赁期限跨年度，且租金提前一次性支付的，根据收入与费用配比原则，出租人可对上述已确认的收入，在租赁期内，分期均匀计入相关年度收入。2025年可以一次性确认租金收入36万元，也可以确认租金收入＝36÷3÷2＝6（万元）。