纳税人在首次申请领用发票时，办理的主要涉税事项包括发票票种核定（选项A）、增值税专用发票（增值税税控系统）最高开票限额审批（选项B）、增值税税控系统专用设备初始发行（选项C）、发票领用（选项D）等涉税事项。选项E，属于后续申领发票办理的涉税事项。

选项D，由税务机关处1万元以上5万元以下罚款，情节严重的，处5万元以上50万元以下的罚款，有违法所得的予以没收；选项E，由税务机关没收违法所得，没收、销毁作案工具和非法物品，并处1万元以上5万元以下的罚款。情节严重的，并处5万元以上50万元以下的罚款。

目前尚未纳入增值税发票管理新系统的发票主要有门票（选项A）、过路（过桥）费发票（选项C、E）、定额发票和客运发票。

税收风险管理的内容包括目标规划风险分析、任务统筹、风险预防、风险控制、风险应对、监控及评价，以及通过评价成果应用于规划目标的修订校正等。其中重点为：风险识别（选项D）、风险分析及任务统筹、风险应对（选项B）和风险监控（选项C）四个部分。