综合审核对比分析中发现有问题或疑点的纳税人要作为重点评估分析对象：重点税源户（选项A）、特殊行业的重点企业、税负异常变化（选项D）、长时间零税负和负税负申报、纳税信用等级低下（选项C）、日常管理和税务检査中发现较多问题的纳税人（选项E）要列为纳税评估的重点分析对象。

选项B，从事生产、经营的纳税人应当自领取税务登记证件之日起15日内，将其财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件等信息报送主管税务机关备案。

选项B，印有本单位名称的发票只限于增值税普通发票。

重大税收违法失信主体是指有下列情形之一的纳税人、扣缴义务人或者其他涉税当事人：

（1）伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款100万元以上，且任一年度不缴或者少缴应纳税款占当年各税种应纳税总额10%以上的，或者采取前述手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，数额在100万元以上的；（选项B）

（2）欠缴应纳税款，采取转移或者隐匿财产的手段，妨碍税务机关追缴欠缴的税款，欠缴税款金额100万元以上的；

（3）骗取国家出口退税款的；（选项C）

（4）以暴力、威胁方法拒不缴纳税款的；（选项E）

（5）虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的；

（6）虚开增值税普通发票100份以上或者金额400万元以上的；

（7）私自印制、伪造、变造发票，非法制造发票防伪专用品，伪造发票监制章的；

（8）具有偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税、虚开发票等行为，在稽查案件执行完毕前，不履行税收义务并脱离税务机关监管，经税务机关检查确认走逃（失联）的；

（9）为纳税人、扣缴义务人非法提供银行账户、发票、证明或者其他方便，导致未缴、少缴税款100万元以上或者骗取国家出口退税款的；

（10）税务代理人违反税收法律、行政法规造成纳税人未缴或者少缴税款100万元以上的；

（11）其他性质恶劣、情节严重、社会危害性较大的税收违法行为。

综上所述，选项B、C、E属于重大税收违法失信主体，当选。选项A、D不属于重大税收违法失信主体，不当选。