变更税务登记的适用范围包括：

（1）改变纳税人名称、法定代表人的；（选项A）

（2）改变住所、经营地点的；

（3）改变经济性质或企业类型的；

（4）改变经营范围、经营方式的；

（5）改变产权关系的；（选项B）

（6）改变注册资金的。（选项C）

综上所述，选项A、B、C属于变更税务登记的适用范围，不当选。选项D不属于变更税务登记的适用范围，属于注销登记的范畴，当选。

目前尚未纳入增值税发票管理新系统的发票主要有门票（选项A）、过路（过桥）费发票（选项C、E）、定额发票和客运发票。

选项A，首次申领增值税发票的新办纳税人办理发票票种核定，增值税专用发票最高开票限额不超过10万元，每月最高领用数量不超过25份；增值税普通发票最高开票限额不超过10万元，每月最高领用数量不超过50份。

选项D，重点税源和重大事项的纳税评估也可由上级税务机关负责。