全电发票的优点包括：

（1）领票流程更简化；（选项A）

（2）开票用票更便捷；（选项D）

（3）入账归档一体化。（选项C）

综上所述，选项A、C、D属于全电发票的优点，不当选。选项B不属于全电发票的优点，当选。

常用增值税普通发票主要有：增值税纸质普通发票、机动车销售统一发票、电子发票（普通发票）、收费公路通行费增值税电子普通发票、增值税普通发票（卷式）、增值税普通发票（折叠票）、门票（选项A）、过路（过桥）费发票、定额发票（选项E）、二手车销售统一发票（选项B）和印有本单位名称的增值税普通发票等。选项D，农产品销售发票也属于增值税普通发票。

选项E，特殊情况下，由付款方向收款方开具发票：（1）收购单位和扣缴义务人支付个人款项时；（2）国家税务总局认为其他需要由付款方向收款方开具发票的。

目前尚未纳入增值税发票管理新系统的发票主要有门票（选项A）、过路（过桥）费发票（选项C、E）、定额发票和客运发票。