本题考查契税。

【选项A错误】以自有房屋作股权投入本人独资经营企业，免纳契税。

【选项B错误】经房屋所有人同意，使用者可以通过变更租赁合同，办理过户手续，互换房屋使用权。所互换房屋的价值相等的不征收契税。

【选项C正确】买房拆料或翻建新房，应照章征收契税。

【选项D错误】房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免征契税，办理免征契税手续。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查契税。

契税的征税对象是发生土地使用权和房屋所有权权属转移的土地和房屋。具体征税范围包括：

①土地使用权出让。【选项D】

②土地使用权转让，包括出售、赠与和互换，但不包括农村集体土地承包经营权和土地经营权的转移。

③房屋买卖赠与、互换。【选项A、C】

【选项B错误】房屋出租没有涉及不动产的产权变化，不属于契税征税范围。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查契税。

土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。

依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查土地增值税。

①土地增值税应税收入=10 000（万元）。

②取得土地使用权所支付的金额=1 000（万元）；

   房地产开发成本=3 000（万元）；

   财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。所以，房地产开发费用=500+（1 000+3 000）×5%=700（万元）；

   与转让房地产有关的税金=555（万元）；

   对从事房地产开发的纳税人可按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”规定计算的金额之和，加计20%的扣除。所以，财政部规定的其他扣除项目=（1 000+3 000）×20%=800（万元）

   扣除项目金额=1000+3000+700+555+800=6055（万元）

③该公司转让房产中获得的增值额=10000-6055=3945（万元）

④增值率=3945÷6055×100%=65.15%。

⑤

确定土地增值税税率为40%，速算扣除系数为5%，应纳土地增值税税额=3945×40%-6055×5%=1275.25（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。