本题考查契税。

契税的征税对象是发生土地使用权和房屋所有权权属转移的土地和房屋。具体征税范围包括：

①土地使用权出让。【选项D】

②土地使用权转让，包括出售、赠与和互换，但不包括农村集体土地承包经营权和土地经营权的转移。

③房屋买卖赠与、互换。【选项A、C】

【选项B错误】房屋出租没有涉及不动产的产权变化，不属于契税征税范围。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查契税。

土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。

依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查耕地占用税。

我国主要的耕地占用税税收优惠措施包括：

①占用耕地建设农田水利设施的，不缴纳耕地占用税。

②军事设施、学校、幼儿园、社会福利机构、医疗机构占用耕地，免征耕地占用税；【选项A、B、C、D】

③铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道、水利工程占用耕地，减按每平方米2元的税额征收耕地占用税。

④农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税；其中农村居民经批准搬迁，新建自用住宅占用耕地不超过原宅基地面积的部分， 免征耕地占用税。

⑤农村烈士遗属、因公牺牲军人遗属、残疾军人以及符合农村最低生活保障条件的农村居民，在规定用地标准以内新建自用住宅，免征耕地占用税。

⑥纳税人因建设项目施工或者地质勘查临时占用耕地，应当依照规定缴纳耕地占用税。

因此，本题正确答案为选项ABCD。

本题考查土地增值税。

该公司转让房产中获得的增值额=12 000-7 000=5 000（万元）。

增值率=5 000÷7 000≈71.43%

根据土地增值税四级超率累进税率（见下表），确定税率为40%，速算扣除系数为5%。

则应纳土地增值税税额=5 000×40%-7 000×5%=1 650（万元）。

因此，本题正确答案为选项D。