本题考查契税。
【选项A、D错误】土地使用权出让、出售，房屋买卖，为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。
【选项B正确】土地使用权赠与、房屋赠与以及其他没有价格的转移土地、房屋权属行为，为税务机关参照土地使用权出售、房屋买卖的市场价格依法核定的价格
【选项C错误】土地使用权互换、房屋互换，为所互换的土地使用权、房屋价格的差额。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查契税。
【选项A、B正确】对于承受与房屋相关的附属设施所有权或土地使用权的行为，按照契税法律、法规的规定征收契税；对于不涉及土地使用权和房屋所有权转移变动的，不征收契税。
【选项C正确】采取分期付款方式购买房屋附属设施土地使用权、房屋所有权的，应按合同规定的总价款计征契税。
【选项D错误】承受的房屋附属设施权属单独计价的，按照当地确定的适用税率征收契税；与房屋统一计价的，适用与房屋相同的契税税率。
因此，本题正确答案为选项D。
本题考查契税。
土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。
依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查土地增值税。
开发土地和新建房及配套设施的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本，包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费【选项B】、建筑安装工程费【选项C】、基础设施费【选项A】、公共配套设施费【选项D】、开发间接费用。
因此，本题正确答案为选项ABCD。
本题考查契税。
【选项C错误】房屋附属设施（包括停车位、机动车库、非机动车库、顶层阁楼、储藏室及其他房屋附属设施）与房屋为同一不动产单元的，计税依据为承受方应交付的总价款，并适用与房屋相同的税率；房屋附属设施与房屋为不同不动产单元的，计税依据为转移合同确定的成交价格，并按当地确定的适用税率计税。
因此，本题正确答案为选项C。
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