本题考查契税。
【选项A、D错误】土地使用权出让、出售，房屋买卖，为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。
【选项B正确】土地使用权赠与、房屋赠与以及其他没有价格的转移土地、房屋权属行为，为税务机关参照土地使用权出售、房屋买卖的市场价格依法核定的价格
【选项C错误】土地使用权互换、房屋互换，为所互换的土地使用权、房屋价格的差额。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查契税。
【选项A、B正确】对于承受与房屋相关的附属设施所有权或土地使用权的行为，按照契税法律、法规的规定征收契税；对于不涉及土地使用权和房屋所有权转移变动的，不征收契税。
【选项C正确】采取分期付款方式购买房屋附属设施土地使用权、房屋所有权的，应按合同规定的总价款计征契税。
【选项D错误】承受的房屋附属设施权属单独计价的，按照当地确定的适用税率征收契税；与房屋统一计价的，适用与房屋相同的契税税率。
因此，本题正确答案为选项D。
本题考查契税。
契税以所有权发生转移的不动产为征税对象，向产权承受人征收的一种财产税。
因此，本题正确答案为选项A。
本题考查土地增值税。
该公司转让房产中获得的增值额=12 000-7 000=5 000（万元）。
增值率=5 000÷7 000≈71.43%
根据土地增值税四级超率累进税率（见下表），确定税率为40%，速算扣除系数为5%。
级数 | 增值额与扣除项目金额的比率 | 税率（%） | 速算扣除系数（%） |
1 | 未超过50%部分 | 30 | 0 |
2 | 超过50%、未超过100%的部分 | 40 | 5 |
3 | 超过100%、未超过200%的部分 | 50 | 15 |
4 | 超过200%的部分 | 60 | 35 |
则应纳土地增值税税额=5 000×40%-7 000×5%=1 650（万元）。
因此，本题正确答案为选项D。
本题考查耕地占用税。
农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税；其中农村居民经批准搬迁，新建自用住宅占用耕地不超过原宅基地面积的部分，免征耕地占用税。村民李某2024年经批准搬迁，原住宅地120平方米恢复耕种，新建住宅110平方米，所以李某免征耕地占用税。因此，本题正确答案为选项A。
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