本题考查契税。

契税的征税对象是发生土地使用权和房屋所有权权属转移的土地和房屋。具体征税范围包括：

①土地使用权出让。【选项D】

②土地使用权转让，包括出售、赠与和互换，但不包括农村集体土地承包经营权和土地经营权的转移。

③房屋买卖赠与、互换。【选项A、C】

【选项B错误】房屋出租没有涉及不动产的产权变化，不属于契税征税范围。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查契税。

土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。

依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查契税。

契税以所有权发生转移的不动产为征税对象，向产权承受人征收的一种财产税。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查耕地占用税。

我国主要的耕地占用税税收优惠措施包括：

①占用耕地建设农田水利设施的，不缴纳耕地占用税。

②军事设施、学校、幼儿园、社会福利机构、医疗机构占用耕地，免征耕地占用税；【选项A、B、C、D】

③铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道、水利工程占用耕地，减按每平方米2元的税额征收耕地占用税。

④农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税；其中农村居民经批准搬迁，新建自用住宅占用耕地不超过原宅基地面积的部分， 免征耕地占用税。

⑤纳税人因建设项目施工或者地质勘查临时占用耕地，应当依照规定缴纳耕地占用税。纳税人在批准临时占用耕地期满之日起1年内依法复垦，恢复种植条件的，全额退还已经缴纳的耕地占用税。

因此，本题正确答案为选项ABCD。