本题考查契税。

土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。

依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查契税。

房屋产权相互交换，双方交换价值不等的，按超出的部分由支付差价方缴纳契税。所以该公司需要对第一笔业务缴纳契税。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。土地使用权互换、房屋互换，计税依据为所互换的土地使用权、房屋价格的差额。

依据题干数据，该公司应缴纳契税=300×3%=9（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查土地增值税。

该公司转让房产中获得的增值额=12 000-7 000=5 000（万元）。

增值率=5 000÷7 000≈71.43%

根据土地增值税四级超率累进税率（见下表），确定税率为40%，速算扣除系数为5%。

则应纳土地增值税税额=5 000×40%-7 000×5%=1 650（万元）。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查土地增值税。

开发土地和新建房及配套设施的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本，包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费【选项B】、建筑安装工程费【选项C】、基础设施费【选项A】、公共配套设施费【选项D】、开发间接费用。

因此，本题正确答案为选项ABCD。