本题考查契税。

【选项A错误】以自有房屋作股权投入本人独资经营企业，免纳契税。

【选项B错误】经房屋所有人同意，使用者可以通过变更租赁合同，办理过户手续，互换房屋使用权。所互换房屋的价值相等的不征收契税。

【选项C正确】买房拆料或翻建新房，应照章征收契税。

【选项D错误】房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免征契税，办理免征契税手续。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查契税。

房屋所有权交换，房屋交换价值不相等的，按超出部分由支付差价方缴纳契税。房屋互换，契税的计税依据为所互换的房屋价格的差额。

依据题干数据，居民甲需要缴纳契税=20×3%=0.6（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查契税。

土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。

依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查土地增值税。

土地增值税实行的是四级超率累进税率。

因此，本题正确答案为选项D。