选项A，按规定，企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用进行区分核算，划分不清的，不允许加计扣除；选项E，对于企业委托外单位开发的研发费用，税法明确，由委托方加计扣除，受托方不得再进行加计扣除，而不是协商确定。选项B、C、D当选。

居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税，该企业技术转让所得应调减应纳税所得额＝500＋（900－200－500）×50％＝600（万元），应纳税额＝（3000－400－1800－600）×25%＝50（万元）。

下列活动不适用税前加计扣除政策：

（1）企业产品（服务）的常规性升级；（选项D）

（2）对某项科研成果的直接应用，如直接采用公开的新工艺、材料、装置、产品、服务或知识等；

（3）企业在商品化后为顾客提供的技术支持活动；

（4）对现存产品、服务、技术、材料或工艺流程进行的重复或简单改变；

（5）市场调查研究、效率调查或管理研究；

（6）作为工业（服务）流程环节或常规的质量控制、测试分析、维修维护；

（7）社会科学、艺术或人文学方面的研究。