选项A，按规定，企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用进行区分核算，划分不清的，不允许加计扣除；选项E，对于企业委托外单位开发的研发费用，税法明确，由委托方加计扣除，受托方不得再进行加计扣除，而不是协商确定。选项B、C、D当选。

居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税，该企业技术转让所得应调减应纳税所得额＝500＋（900－200－500）×50％＝600（万元），应纳税额＝（3000－400－1800－600）×25%＝50（万元）。

（1）企业购置并自身实际投入使用的规定的环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的投资额的10%可以从企业当年的应纳税额中抵免。专用设备投资额不包括允许抵扣的增值税进项税额以及设备运输、安装和调试等费用。专用设备投资额抵免税额＝200×10%＝20（万元）。

（2）企业发生的专用设备数字化、智能化改造投入，不超过该专用设备购置时原计税基础50%的部分，可按照10%比例抵免企业当年应纳税额。企业当年应纳税额不足抵免的，可以向以后年度结转，但结转年限最长不得超过5年。专用设备原计税基础的50%＝（200＋10）×50%＝105（万元）＜改造投入120万元，所以智能化改造可以抵免税额＝105×10%＝10.5（万元）。