纳税人应当进行土地增值税清算的情形：

（1）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；（选项Ａ）

（2）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；（选项Ｃ）

（3）直接转让土地使用权的。（选项Ｄ）

综上所述，选项B、E为主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的情形，不当选。

单位建筑面积成本费用＝清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积单位建筑面积成本费用＝3960÷（20000×90%）＝0.22（万元/平方米）；

扣除项目金额＝1000×0.22＝220（万元）；

增值额＝500－220＝280（万元）；

增值率＝280÷220×100%＝127.27% ；

土地增值税＝280×50%－220×15%＝107（万元）。

选项A，不能提供金融机构证明的，在按“取得土地使用权所支付的金额”与 “房地产开发成本”之和的10%以内扣除；

选项B，土地闲置费不得扣除；

选项D，纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定期限内补缴的，不加收滞纳金。

（1）在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额＝清算时的单位建筑面积成本费用×销售或转让面积。

（2）单位建筑面积成本费用＝清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积＝53580÷（80000×85%）＝0.79（万元）。

（3）出售10%对应的扣除项目金额＝80000×10%×0.79＝6320（万元）。