选项C，未开具发票或者未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入；

选项E，营改增后的收入，应该按照不含增值税金额作为转让房地产收入。

单位建筑面积成本费用＝清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积单位建筑面积成本费用＝3960÷（20000×90%）＝0.22（万元/平方米）；

扣除项目金额＝1000×0.22＝220（万元）；

增值额＝500－220＝280（万元）；

增值率＝280÷220×100%＝127.27% ；

土地增值税＝280×50%－220×15%＝107（万元）。

选项A、B、C，均属于纳税人应进行土地增值税清算的情形；

选项D，纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。

选项A，不能提供金融机构证明的，在按“取得土地使用权所支付的金额”与 “房地产开发成本”之和的10%以内扣除；

选项B，土地闲置费不得扣除；

选项D，纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定期限内补缴的，不加收滞纳金。