纳税人应当进行土地增值税清算的情形：

（1）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；（选项Ａ）

（2）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；（选项Ｃ）

（3）直接转让土地使用权的。（选项Ｄ）

综上所述，选项B、E为主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的情形，不当选。

（1）纳税人办理尾盘销售土地增值税申报时，各类型房地产单位建筑面积扣除项目金额不包括清算时与转让房地产有关的税金，尾盘销售发生的与转让房地产有关的税金据实扣除。

（2）各类型房地产单位建筑面积扣除项目金额＝税务机关审核确定相应类型房地产的扣除项目金额合计÷相应类型房地产的可售建筑面积＝（3945－45）÷20000＝0.195（万元/平方米）；

（3）剩余10%的楼盘可扣除项目金额＝20000×10%×0.195＋6＝396（万元）；

（4）增值额＝500－396＝104（万元）；

（5）增值率＝104÷396×100%＝26.26% ；

（6）土地增值税＝104×30%＝31.2（万元）。

（1）纳税人办理尾盘销售土地增值税申报时，各类型房地产单位建筑面积扣除项目金额不包括清算时与转让房地产有关的税金，尾盘销售发生的与转让房地产有关的税金据实扣除。

（2）各类型房地产单位建筑面积扣除项目金额＝税务机关审核确定相应类型房地产的扣除项目金额合计 ÷ 相应类型房地产的可售建筑面积＝（53580－6180）÷80000＝0.593（万元/平方米）

（3）出售10%对应的扣除项目金额＝80000×10%×0.593＋128＝4872（万元）。

选项A，纳税人接受建筑安装服务取得的增值税发票，应在发票的备注栏注明建筑服务发生地县（市、区）名称及项目名称的，否则不得计入土地增值税扣除项目金额。

选项B，属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。

选项E，开发建造的停车场，建成后产权属于全体业主所有的或建成后有偿转让的，其成本、费用可以扣除。