纳税人应当进行土地增值税清算的情形：

（1）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；（选项Ａ）

（2）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；（选项Ｃ）

（3）直接转让土地使用权的。（选项Ｄ）

综上所述，选项B、E为主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的情形，不当选。

选项B，扣留建筑安装施工企业的质量保证金，只有开具发票的才可以扣除；未开具发票的，不得计算扣除。

选项C，货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。

选项D，房地产开发企业的预提费用、逾期开发土地闲置费不得扣除。

选项A，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，分期开发的项目，以分期项目为单位清算。

选项C，纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。

选项D，配套建造的幼儿园有偿转让的，应计算收入，其成本、费用可以扣除。