纳税人应当进行土地增值税清算的情形：

（1）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；（选项Ａ）

（2）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；（选项Ｃ）

（3）直接转让土地使用权的。（选项Ｄ）

综上所述，选项B、E为主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的情形，不当选。

（1）增值税销项税额＝（8000－2000×90%）÷（1＋9%）×9%＝511.93（万元）。

（2）应确认的不含税收入＝8000－511.93＝7488.07（万元）。

（1）纳税人办理尾盘销售土地增值税申报时，各类型房地产单位建筑面积扣除项目金额不包括清算时与转让房地产有关的税金，尾盘销售发生的与转让房地产有关的税金据实扣除。

（2）各类型房地产单位建筑面积扣除项目金额＝税务机关审核确定相应类型房地产的扣除项目金额合计÷相应类型房地产的可售建筑面积＝（3945－45）÷20000＝0.195（万元/平方米）；

（3）剩余10%的楼盘可扣除项目金额＝20000×10%×0.195＋6＝396（万元）；

（4）增值额＝500－396＝104（万元）；

（5）增值率＝104÷396×100%＝26.26% ；

（6）土地增值税＝104×30%＝31.2（万元）。

选项B，扣留建筑安装施工企业的质量保证金，只有开具发票的才可以扣除；未开具发票的，不得计算扣除。

选项C，货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。

选项D，房地产开发企业的预提费用、逾期开发土地闲置费不得扣除。