选项A，税务部门规章一般不应溯及既往，但为了更好地保护税务行政相对人的权益而作的特别规定除外。

选项B，税务部门规章原则上不得重复法律和国务院的行政法规、决定、命令已经明确规定的内容。

选项C，同一机关制定的法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章，特别规定与一般规定不一致的，适用特别规定。

选项D、E，税务部门规章的效力低于法律、行政法规。

选项A、B，《中华人民共和国企业所得税法》和《中华人民共和国烟叶税法》属于税收法律；

选项C、D，《中华人民共和国增值税暂行条例》和《中华人民共和国个人所得税法实施条例》属于税收法规；

选项E，《税务部门规章制定实施办法》属于税务规章。

选项A、B、C，属于全国人大常委会通过的税收法律。

选项D，国务院通过行政法规实行的是决定制，由国务院总理最终决定，并由国务院总理签署国务院令公布实施，行政法规应在公布后的30日内报全国人大常委会备案；

选项E，从立法主体来看，国家机关包括全国人大及其常委会、国务院及其有关职能部门和拥有地方立法权的地方政权机关。