下列资产损失应以清单申报的方式申报扣除：（1）企业在正常经营管理活动中，按照公允价格销售、转让、变卖非货币资产的损失；（2）企业各项存货发生的正常损耗；（3）企业固定资产达到或超过使用年限而正常报废清理的损失；（4）企业生产性生物资产达到或超过使用年限而正常死亡发生的资产损失；（5）企业按照市场公平交易原则，通过各种交易场所、市场等买卖债券、股票、期货、基金以及金融衍生产品等发生的损失。选项A当选。

企业内部证据主要包括：（1）有关会计核算资料和原始凭证；（2）资产盘点表；（3）相关经济行为的业务合同；（4）企业内部技术鉴定部门的鉴定文件或资料；（5）企业内部核批文件及有关情况说明；（6）对责任人由于经营管理责任造成损失的责任认定及赔偿情况说明；（7）法定代表人、企业负责人和企业财务负责人对特定事项真实性承担法律责任的声明。因此选项C、E当选。

下列资产损失，应以清单申报的方式向税务机关申报扣除：（1）企业在正常经营活动中，按照公允价格销售、转让、变卖非货币资产的损失；（2）存货发生的正常损耗；（3）固定资产达到或超过使用年限而正常报废清理的损失；（4）生产性生物资产达到或超过使用年限而正常死亡发生的资产损失；（5）企业按公平交易原则，买卖债券、股票、期货、基金及金融衍生产品等发生的损失。选项E，企业被盗的固定资产或存货发生的净损失，需要专项申报扣除。选项A、B、C、D当选。