选项A，地方政府债券利息收入，属于免税收入；选项B，逾期未退包装物押金收入，应缴纳企业所得税；选项C，企业转让国债，应作为转让财产，其取得的收益（损失）应计入应纳税所得额纳税；选项D，县级以上人民政府将国有资产无偿划入企业，凡指定专门用途并按规定进行管理的，企业可作为不征税收入进行企业所得税处理。综上所述，选项A当选。

（1）职工福利费实际发生35万元，扣除限额＝200×14%＝28（万元），应调增所得额7万元；

（2）工会经费实际发生3.5万元，扣除限额＝200×2%＝4（万元），无须纳税调整；

（3）职工教育经费：软件企业发生的职工培训费用4万元可以全额扣除；职工教育经费实际发生额＝8－4＝4（万元），职工教育经费扣除限额＝200×8%＝16（万元），无须纳税调整；

（4）补充养老保险实际发生12万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），应调增所得额＝12-10＝2（万元）；

（5）补充医疗保险实际发生8万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），无须纳税调整。

综上所述，应调增所得额为9万元，选项B当选。