选项D，通过捐赠、投资、非货币性资产交换、债务重组等方式取得的固定资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为计税基础。

选项A，应税船舶在吨税执照期限内，因修理、改造导致净吨位变化的，吨税执照继续有效；选项B，船舶吨税由海关负责征税；选项D，纳税义务发生时间为应税船舶进入港口的当日。