选项D，通过捐赠、投资、非货币性资产交换、债务重组等方式取得的固定资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为计税基础。

（1）征收的耕地自批准征收之日起满1年时缴纳城镇土地使用税。

（2）纳税人新征用的非耕地，自批准征用次月起缴纳城镇土地使用税。

（3）小型微利企业，可以叠加享受“六税两费”减半优惠。

（4）2025年应缴纳的城镇土地使用税＝1000×2÷12×6×50%＝500（元）。

选项A、D，转让方取得与股权转让相关的各种款项，包括违约金、补偿金以及其他名目的款项、资产、权益等，均应当并入股权转让收入。纳税人按照合同约定，在满足约定条件后取得的后续收入，应当作为股权转让收入。选项B，净资产核定法为税务机关核定股权转让收入的首选方法，若该方法存在困难的，再依次采用类比法或其他合理方法。选项C，属于股权转让收入明显偏低，但有正当理由的情形，主管税务机关无需核定征收个人所得税。