水利工程占用耕地，减按每平方米2元的税额征收耕地占用税，选项A当选。军用码头占用耕地，免征耕地占用税，选项B不当选。农田水利设施占用耕地，不缴纳耕地占用税，选项C不当选。城区内机动车道占用耕地的，按照当地适用税额缴纳耕地占用税，选项D不当选。

露天泳池不属于房产税的征税对象，不缴纳房产税。对更换房屋附属设备和配套设施的，在将其价值计入房产原值时，可扣减原来相应设备和设施的价值。2024年甲公司就该会所应缴纳房产税＝4000×（1－30%）×1.2%×8÷12＋（4000－100＋180－80＋160）×（1－30%）×1.2%×4÷12＝34.05（万元）。

经临时批准入境的外国车船和香港特别行政区、澳门特别行政区、台湾地区的车船，不属于车船税的征收范围，不征收车船税，选项A当选。省、自治区、直辖市人民政府根据当地实际情况，可以对公共交通车船，农村居民拥有并主要在农村地区使用的摩托车、三轮汽车和低速载货汽车定期减征或者免征车船税，选项B、D不当选。捕捞渔船免征车船税，选项C不当选。

依据《税收征收管理法》相关规定，纳税人发现多缴税款，要求退还的，税务机关应当自接到纳税人退还申请之日起30日内查实并办理退还手续。选项B当选。