选项A、B，直接用于农、林、牧、渔业的生产用地免征城镇土地使用税。直接用于农、林、牧、渔业的生产用地，是指直接从事种植、养殖、饲养的专业用地。农副产品加工厂占地和从事农、林、牧、渔业生产单位的生活、办公用地不包括在内；选项C，对于各类危险品仓库、厂房所需的防火、防爆、防毒等安全防范用地，可由各省、自治区、直辖市税务局确定，暂免征收城镇土地使用税；对仓库库区、厂房本身用地，应依法征收城镇土地使用税。

选项A，尚未核发土地使用证书的，应由纳税人据实申报土地面积；选项B，通过拍卖方式取得的建设用地，按照规定，在合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税；合同未约定交付时间，合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税；选项C，对公租房建设期间用地及公租房建成后占地，免征城镇土地使用税。在基他住房项目中配套建设公租房，按公租房建筑面积占总建筑面积的比例免征建设、管理公租房涉及的城镇土地使用税。

选项A，投资者兴办两个或两个以上企业，并且企业性质全部是独资的，年度终了后汇算清缴时，应纳税款的计算方法为：①汇总其投资兴办的所有企业的经营所得作为应纳税所得额，以此确定适用税率，计算出全年经营所得的应纳税额；②再根据每个企业的经营所得占所有企业经营所得的比例，分别计算出每个企业的应纳税额和应补缴税额。选项B，投资者兴办两个或两个以上企业的，应分别向企业实际经营管理所在地主管税务机关预缴税款；选项C、D，投资者兴办两个或两个以上企业的，其费用扣除标准由投资者选择在其中一个企业的生产经营所得中扣除。