本题考查契税。

【选项A错误】以自有房屋作股权投入本人独资经营企业，免纳契税。

【选项B错误】经房屋所有人同意，使用者可以通过变更租赁合同，办理过户手续，互换房屋使用权。所互换房屋的价值相等的不征收契税。

【选项C正确】买房拆料或翻建新房，应照章征收契税。

【选项D错误】房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免征契税，办理免征契税手续。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查契税。

房屋产权相互交换，双方交换价值不等的，按超出的部分由支付差价方缴纳契税。所以该公司需要对第一笔业务缴纳契税。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。土地使用权互换、房屋互换，计税依据为所互换的土地使用权、房屋价格的差额。

依据题干数据，该公司应缴纳契税=300×3%=9（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查耕地占用税。

农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税；其中农村居民经批准搬迁，新建自用住宅占用耕地不超过原宅基地面积的部分，免征耕地占用税。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查土地增值税。

【选项A错误】纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税；增值额超过扣除项目金额之和20%的，应就其全部增值额按规定计税。普通标准住宅是指按所在地一般民用住宅标准建造的居住用住宅。高级公寓、别墅、度假村等不属于普通标准住宅。普通标准住宅与其他住宅的具体划分界限由各省、自治区、直辖市人民政府规定。

【选项C错误】企业按照公司法有关规定整体改制，包括非公司制企业改制为有限责任公司或股份有限公司，有限责任公司变更为股份有限公司，股份有限公司变更为有限责任公司，对改制前的企业将国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下称房地产）转移、变更到改制后的企业，暂不征收土地增值税。

因此，本题正确答案为选项BDE。