本题考查契税。
【选项A、B正确】对于承受与房屋相关的附属设施所有权或土地使用权的行为，按照契税法律、法规的规定征收契税；对于不涉及土地使用权和房屋所有权转移变动的，不征收契税。
【选项C正确】采取分期付款方式购买房屋附属设施土地使用权、房屋所有权的，应按合同规定的总价款计征契税。
【选项D错误】承受的房屋附属设施权属单独计价的，按照当地确定的适用税率征收契税；与房屋统一计价的，适用与房屋相同的契税税率。
因此，本题正确答案为选项D。
本题考查契税。
【选项A错误】以自有房屋作股权投入本人独资经营企业，免纳契税。
【选项B错误】经房屋所有人同意，使用者可以通过变更租赁合同，办理过户手续，互换房屋使用权。所互换房屋的价值相等的不征收契税。
【选项C正确】买房拆料或翻建新房，应照章征收契税。
【选项D错误】房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免征契税，办理免征契税手续。
因此，本题正确答案为选项C。
本题考查契税。
土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。
依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查耕地占用税。
农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税。 耕地占用税应纳税额的计算公式为：应纳税额=实际占用的耕地面积（平方米）×适用定额税率。
依据题干数据，该农民应纳耕地占用税=200×7×50%=700（元）。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查土地增值税。
【选项B错误】纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额之和20%的，免征土地增值税；增值额超过扣除项目金额之和20%的，应就其全部增值额按规定计税。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查耕地占用税。
我国主要的耕地占用税税收优惠措施包括：
①占用耕地建设农田水利设施的，不缴纳耕地占用税。
②军事设施、学校、幼儿园、社会福利机构、医疗机构占用耕地，免征耕地占用税；【选项A、B、C、D】
③铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道、水利工程占用耕地，减按每平方米2元的税额征收耕地占用税。
④农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税；其中农村居民经批准搬迁，新建自用住宅占用耕地不超过原宅基地面积的部分， 免征耕地占用税。
⑤农村烈士遗属、因公牺牲军人遗属、残疾军人以及符合农村最低生活保障条件的农村居民，在规定用地标准以内新建自用住宅，免征耕地占用税。
⑥纳税人因建设项目施工或者地质勘查临时占用耕地，应当依照规定缴纳耕地占用税。
因此，本题正确答案为选项ABCD。
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