选项A、D，员工出差，食宿包干，差旅补助需要缴纳个人所得税；选项B，企业以现金形式发给个人的住房补贴、医疗补助费，应全额计入领取人的当期工资、薪金收入计征个人所得税。但对外籍个人以实报实销形式取得的住房补贴，暂免征收个人所得税；选项C，公司给员工人人有份的现金形式餐费补贴属于不得免税的福利费，应当并入职工的当月工资薪金收入计缴个人所得税。

选项A，对公募证券投资基金（封闭式证券投资基金、开放式证券投资基金）转让创新企业CDR取得的差价所得和持有创新企业CDR取得的股息红利所得，按公募证券投资基金税收政策规定暂不征收企业所得税；公募基金取得的买卖股票差价收入没有不征税规定。选项C，属于免税收入。选项D，减半征收企业所得税。

拖船按照发动机功率每千瓦折合净吨位0.67吨，拖船按相同净吨位船舶税率的50%计征税款。该拖船应缴纳船舶吨税＝3 000×0.67×2.9×50%÷10 000＝0.29（万元）。