综合审核对比分析中发现有问题或疑点的纳税人要作为重点评估分析对象：重点税源户（选项A）、特殊行业的重点企业、税负异常变化（选项D）、长时间零税负和负税负申报、纳税信用等级低下（选项C）、日常管理和税务检査中发现较多问题的纳税人（选项E）要列为纳税评估的重点分析对象。

符合下列情形之一的增值税专用发票，列入异常凭证范围：

（1）纳税人丢失、被盗税控专用设备中未开具或已开具未上传的增值税专用发票；（选项A）

（2）非正常户纳税人未向税务机关申报或未按规定缴纳税款的增值税专用发票；（选项B）

（3）增值税发票管理系统稽核比对发现“比对不符”“缺联”“作废”的增值税专用发票；（选项C）

（4）经国家税务总局、省税务局大数据分析发现，纳税人开具的增值税专用发票存在涉嫌虚开、未按规定缴纳消费税等情形的；（选项E）

（5）走逃（失联）企业存续经营期间发生下列情形之一的，所对应属期开具的增值税专用发票列入异常售证范围：

①商贸企业购进、销售货物名称严重背离的；生产企业无实际生产加工能力且无委托加工，或生产能耗与销售情况严重不符，或购进货物并不能直接生产其销售的货物且无委托加工的。

②直接走逃失踪不纳税申报，或虽然申报但通过填列增值税及附加税费纳税申报表相关栏次，规避税务机关审核比对，进行虚假申报的。

综上所述，选项A、B、C、E属于直接判定为异常增值税扣税凭证的情形，当选。选项D不属于直接判定为异常增值税扣税凭证的情形，不当选。

纳税人在首次申请领用发票时，办理的主要涉税事项包括发票票种核定（选项A）、增值税专用发票（增值税税控系统）最高开票限额审批（选项B）、增值税税控系统专用设备初始发行（选项C）、发票领用（选项D）等涉税事项。选项E，属于后续申领发票办理的涉税事项。

选项D，由税务机关处1万元以上5万元以下罚款，情节严重的，处5万元以上50万元以下的罚款，有违法所得的予以没收；选项E，由税务机关没收违法所得，没收、销毁作案工具和非法物品，并处1万元以上5万元以下的罚款。情节严重的，并处5万元以上50万元以下的罚款。