选项D，实行定期定额方式缴纳税款的纳税人，可以实行简易申报、简并征期等申报纳税方式。

选项C，增值税一般纳税人（纳税信用A级以外的纳税人）取得异常凭证，尚未申报抵扣的，暂不允许抵扣；已经申报抵扣的，一律先作进项税额转出；选项A、E，经核实，符合现行增值税进项税额抵扣相关规定的，企业可继续申报抵扣。

选项B，由税务机关没收违法所得，没收、销毁作案工具和非法物品，并处1万元以上5万元以下的罚款；情节严重的，并处5万元以上50万元以下的罚款；对印制发票的企业，可以并处吊销发票准印证；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

选项C、D，由税务机关处1万元以上5万元以下的罚款；情节严重的，处5万元以上50万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。

除机动车销售统一发票、农产品销售发票（选项A）、通行费发票（选项D）、收费公路通行费增值税电子普通发票，以及国内旅客运输服务的增值税电子普通发票、航空运输电子客票行程单（选项B）、电子发票（铁路电子客票）和公路、水路等其他客票、农产品收购发票（选项E）外，增值税普通发票不能作为抵扣增值税进项税额的凭证。