选项D，由税务机关处1万元以上5万元以下罚款，情节严重的，处5万元以上50万元以下的罚款，有违法所得的予以没收；选项E，由税务机关没收违法所得，没收、销毁作案工具和非法物品，并处1万元以上5万元以下的罚款。情节严重的，并处5万元以上50万元以下的罚款。

除机动车销售统一发票、农产品销售发票（选项A）、通行费发票（选项D）、收费公路通行费增值税电子普通发票，以及国内旅客运输服务的增值税电子普通发票、航空运输电子客票行程单（选项B）、电子发票（铁路电子客票）和公路、水路等其他客票、农产品收购发票（选项E）外，增值税普通发票不能作为抵扣增值税进项税额的凭证。

目前尚未纳入增值税发票管理新系统的发票主要有门票（选项A）、过路（过桥）费发票（选项C、E）、定额发票和客运发票。

经常性指标信息包括涉税申报信息、税（费）款缴纳信息、发票与税控器具信息、登记与账簿信息等纳税人在评价年度内经常产生的指标信息，选项B，属于非经常性指标信息。