除企业（选项A、E）、农民专业合作社（选项B）、外国企业常驻代表机构（选项C）外，其他主体税务登记按照原有法律制度执行，即其他机关（编办、民政、司法等）批准设立的主体暂不纳入“五证合一、一照一码”办理范围。

符合下列情形之一的增值税专用发票，列入异常凭证范围：

（1）纳税人丢失、被盗税控专用设备中未开具或已开具未上传的增值税专用发票；（选项A）

（2）非正常户纳税人未向税务机关申报或未按规定缴纳税款的增值税专用发票；（选项B）

（3）增值税发票管理系统稽核比对发现“比对不符”“缺联”“作废”的增值税专用发票；（选项C）

（4）经国家税务总局、省税务局大数据分析发现，纳税人开具的增值税专用发票存在涉嫌虚开、未按规定缴纳消费税等情形的；（选项E）

（5）走逃（失联）企业存续经营期间发生下列情形之一的，所对应属期开具的增值税专用发票列入异常售证范围：

①商贸企业购进、销售货物名称严重背离的；生产企业无实际生产加工能力且无委托加工，或生产能耗与销售情况严重不符，或购进货物并不能直接生产其销售的货物且无委托加工的。

②直接走逃失踪不纳税申报，或虽然申报但通过填列增值税及附加税费纳税申报表相关栏次，规避税务机关审核比对，进行虚假申报的。

综上所述，选项A、B、C、E属于直接判定为异常增值税扣税凭证的情形，当选。选项D不属于直接判定为异常增值税扣税凭证的情形，不当选。

选项A，开具发票的单位和个人应当按照国家有关规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联，应当保存5年。