选项A，建设工程主体结构的施工必须由承包人自行完成。

选项B，货款支付属于金钱债务，可由第三人代为履行。

选项C，房屋修缮义务可委托专业机构完成。

选项D，金钱债务可由第三人代为清偿。

选项A，标的物毁损、灭失的风险自交付时转移。提存视为交付，提存物在提存期间毁损、灭失的风险由乙公司承担，所以乙公司无权要求甲公司支付额外赔偿。

选项B，乙公司作为债权人，虽有权领取提存物，但需在履行对待给付义务（支付货款）后方可领取。乙公司未支付货款，公证处应拒绝其领取请求。

选项C，动产物权自交付时转移。提存成立时，设备所有权已转移至乙公司，甲公司不再保留所有权。

选项D，提存后，标的物风险转移至乙公司，甲公司无须承担设备损毁风险。乙公司仍需履行支付货款的对待给付义务。