（1）主刑只能独立适用，不能附加适用；选项D正确，选项A错误。

（2）附加刑包括罚金、剥夺政治权利、没收财产和驱逐出境（对犯罪的外国人适用），管制、拘役均为主刑；选项C错误。

（3）附加刑（包括“驱逐出境”）既可以独立适用，也可以附加适用；选项B错误，选项E正确。

选项A，犯罪嫌疑人自动投案后又逃跑的，不能认定为自首。

选项C，犯罪以后自动投案，如实供述自己罪行的，是自首。犯罪嫌疑人是逃跑后被抓获到案，不符合自动投案前提，就算后期如实供述自己罪行，也不属于自首。

对累犯“应当”从重处罚；不得缓刑、不得假释、不得取保候审。