选项B，土地使用权出售、房屋买卖，其契税计税依据为成交价格。

选项E，土地使用权交换的，以所交换的土地使用权的价格差额为计税依据。

选项A、B，土地使用权赠与、房屋赠与以及其他没有价格的转移土地、房屋权属行为，税务机关参照土地使用权出售、房屋买卖的市场价格依法核定价格计征契税。

选项C，土地使用权出让、出售，房屋买卖，按土地、房屋权属转移合同确定的成交价格缴纳契税。

选项D，以划拨方式取得的土地使用权，经批准改为出让方式重新取得该土地使用权的，应由该土地使用权人以补缴的土地出让价款为计税依据缴纳契。

税选项E，对于成交价格明显低于市场价格且无正当理由的，或者所交换的土地使用权、房屋的价格差额明显不合理且无正当理由的，由税务机关参照市场价格核定征收。

综上所述，选项A、B、E当选。

（1）以协议方式出让的，契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套设施费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。

（2）该企业应缴纳的契税＝（3000＋1000＋500）×4%＝180（万元）。