土地增值税的核定征收条件：

（1）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；（选项A）

（2）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；（选项B）

（3）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；（选项C）

（4）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；（选项E）

（5）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。

综上所述，选项A、B、C、E属于土地增值税的核定征收条件，当选。选项D不属于土地增值税的核定征收条件，不当选。

采用以物易物方式进行商品交易签订的合同，应按合同所载的购销合计数作为计税依据。转让土地使用权和转让不动产应按产权转移书据进行贴花，该房地产开发公司应缴纳印花税＝（2000＋2500）×0.5‰＝2.25（万元）。

选项D，纳税人在依法办理土地、房屋权属登记前，权属转移合同、权属转移合同性质凭证不生效、无效、被撤销或者被解除的，纳税人可以向税务机关申请退还已缴纳的税款。