选项A，应税大气污染物的污染当量数，以该污染物的排放量除以该污染物的污染当量值计算；选项B，每一排放口或者没有排放口的应税大气污染物，按照污染当量数从大到小排序，对前三项污染物征收环境保护税；选项E，每一排放口的应税水污染物，区分第一类水污染物和其他类水污染物，按照污染当量数从大到小排序，对第一类水污染物按照前五项征收环境保护税，对其他类水污染物按照前三项征收环境保护税。

选项D，运输合同，计税依据是运费收入，不包括所运货物的金额、装卸费和保险费等。

环境保护税采用“企业申报、税务征收、环保协同、信息共享”的征管方式。

（1）企业申报：纳税人应当依法如实办理纳税申报，对申报的真实性和完整性承担责任；（选项A）

（2）税务征收：税务机关依照《中华人民共和国税收征收管理法》和环境保护税法的有关规定征收管理；（选项C）

（3）环保协同：环境保护主管部门依照《环境保护税法》和有关环境保护法律法规的规定对污染物监测管理。县级以上地方人民政府应当建立税务机关、环境保护主管部门和其他相关单位分工协作工作机制；（选项B）

（4）信息共享：环境保护主管部门和税务机关应当建立涉税信息共享平台和工作配合机制，定期交换有关纳税信息资料。（选项E）

综上所述，选项A、B、C、E表述正确，当选。选项D表述不正确，不当选。

选项D，纳税人在依法办理土地、房屋权属登记前，权属转移合同、权属转移合同性质凭证不生效、无效、被撤销或者被解除的，纳税人可以向税务机关申请退还已缴纳的税款。