选项A，农村集体土地不能转让；选项B、D，没有发生房产产权、土地使用权的转让；选项C，土地增值税的纳税义务人是转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人。

纳税人转让存量房可以扣除的项目有：

（1）纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，取得土地使用权所支付的金额、旧房及建筑物的评估价格，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算扣除。计算扣除项目时“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。

（2）取得土地使用权所支付的地价款或出让金和按国家统一规定缴纳的有关费用。

（3）转让环节缴纳的税金（城建税、教育费附加、地方教育费附加、印花税），此题不考虑。

计算土地增值税时扣除项目金额合计＝500×（1＋5%×4）＋12＋3＝615（万元）。

下列情形，暂予免征环境保护税：

（1）农业生产（不包括规模化养殖）排放应税污染物的；

（2）机动车、铁路机车、非道路移动机械、船舶和航空器等流动污染源排放应税污染物的；（选项B）

（3）依法设立的城乡污水集中处理、生活垃圾集中处理场所排放相应应税污染物，不超过国家和地方规定的排放标准的；（选项D）

（4）纳税人综合利用的固体废物，符合国家和地方环境保护标准的；（选项C）

（5）国务院批准免税的其他情形。选项E，纳税人排放应税大气污染物或者水污染物的浓度值低于国家和地方规定的污染物排放标准百分之三十的，减按百分之七十五征收环境保护税。

综上所述，选项B、C、D属于免征环境保护税的情形，当选。选项A、E不属于免征环境保护税的情形，不当选。