纳税人转让存量房可以扣除的项目有：

（1）纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，取得土地使用权所支付的金额、旧房及建筑物的评估价格，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算扣除。计算扣除项目时“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。

（2）取得土地使用权所支付的地价款或出让金和按国家统一规定缴纳的有关费用。

（3）转让环节缴纳的税金（城建税、教育费附加、地方教育附加、印花税），此题不考虑。

计算土地增值税时扣除项目金额合计＝500×（1＋5%×4）＋12＋3＝615（万元）。

选项D，运输合同，计税依据是运费收入，不包括所运货物的金额、装卸费和保险费等。

选项A，房产税征税范围不包括农村；选项B、D，独立于房屋之外的建筑物，如围墙、烟囱、水塔、变电塔、油池油柜、酒窖菜窖、酒精池、糖蜜池、室外游泳池、玻璃暖房、砖瓦石灰窑以及各种油气罐等，不属于房产，不缴纳房产税。