企业的免税收入包括：

（1）国债利息收入；

（2）符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益；

（3）在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益；

（4）通过沪港通、深港通投资持股满12个月取得的股息红利；（选项E正确）

（5）投资创新企业CDR取得的符合条件的股息红利；（选项D正确）

（6）符合条件的永续债利息收入；（选项A正确）

（7）非营利性科研机构、高等学校接收企业、个人和其他组织机构基础研究资金收入；（选项B正确）

（8）符合条件的非营利组织的免税收入。

因此选项A、B、D、E当选。

居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税，该企业技术转让所得应调减应纳税所得额＝500＋（900－200－500）×50％＝600（万元），应纳税额＝（3000－400－1800－600）×25%＝50（万元）。

技术转让，是指居民企业转让其拥有符合技术转让范围规定技术的所有权或5年以上（含5年）全球独占许可使用权的行为。

技术转让的范围，包括居民企业转让专利技术、计算机软件著作权（选项B）、集成电路布图设计权（选项C）、植物新品种（选项A）、生物医药新品种，以及财政部和国家税务总局确定的其他技术。自2015年10月1日起，全国范围内的居民企业转让5年（含）以上非独占许可使用权取得的技术转让所得（选项D），纳入享受企业所得税优惠的技术转让所得范围。　　

居民企业从直接或间接持有股权之和达到100%的关联方取得的技术转让所得，不享受技术转让减免企业所得税优惠政策。因此选项E不当选。

（1）企业委托外部机构或个人进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方研发费用并计算加计扣除。因此甲公司第一、二阶段研发费用加计扣除计算基数＝（50＋500）×80%＝440（万元）。

（2）企业委托境外进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方的委托境外研发费用。委托境外研发费用不超过境内符合条件的研发费用2/3的部分，可以按规定在企业所得税税前加计扣除，委托境外进行研发活动不包括委托境外个人进行的研发活动。委托境外研发费用的80%＝1000×80%＝800（万元），境内符合条件的研发费用的2/3＝440×2÷3＝293.33（万元）。因此甲公司第三、四阶段研发费用加计扣除计算基数293.33（万元）。

（3）甲公司2025年加计扣除计算基数＝440＋293.33＝733.33（万元）。