用人单位自用工之日起超过1个月不满1年未与劳动者订立书面劳动合同的（甲公司与李某补订合同时距用工之日已满3个月），应当自用工之日起满1个月的次日起至补订书面劳动合同的前1日（4月3日～6月2日），向劳动者每月支付2倍的工资（1倍正常工资+1倍工资补偿）；由于用人单位已经按月足额发放了1倍的正常工资，因此在本题中，甲公司仅需额外支付1倍的工资作为惩罚性补偿，所以甲公司向李某支付4月3日～6月2日的工资补偿=3 000/月×2个月=6 000（元）。

本题考查扣除员工工资以赔偿其带来的损失，计算思路如下：（1）公司每月至少按双标准的孰高值向甲发放工资，标准1（劳动者当月工资的80%）=2 500×80%=2 000（元），标准2（最低工资标准）=1 800元，因此公司每月至少向甲发放工资2 000元；（2）可扣除的最高限额=2 500-2 000=500（元）。

【知识点拓展】

扣除工资以赔偿损失的规定：

每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

据此可知：该劳动者当月实得工资应当按照当月应得工资的 80% 和当地月最低工资标准孰高发放。

选项D，用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行，劳动合同继续有效。

【知识点拓展】

劳动合同的效力

用人单位与劳动者约定了服务期，但用人单位未按照劳动合同的约定提供劳动保护或者劳动条件，劳动者有权随时通知用人单位解除劳动合同，不属于违反服务期的约定，用人单位不得要求劳动者支付违约金。

【知识点拓展】

服务期