选项C，逾期开发缴纳的土地闲置费不得在计算土地增值税时扣除，故不能作为加计扣除的依据。

选项A、D，房地产开发企业转让房地产时，与转让房地产有关的税金不包括增值税、印花税。选项B，取得土地使用权时缴纳的契税在取得土地使用权的金额中扣除。

纳税人转让存量房可以扣除的项目有：

（1）纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，取得土地使用权所支付的金额、旧房及建筑物的评估价格，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算扣除。计算扣除项目时“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。

（2）取得土地使用权所支付的地价款或出让金和按国家统一规定缴纳的有关费用。

（3）转让环节缴纳的税金（城建税、教育费附加、地方教育费附加、印花税），此题不考虑。

计算土地增值税时扣除项目金额合计＝500×（1＋5%×4）＋12＋3＝615（万元）。

对按照房产原值计算房产税的房产，无论会计上如何核算，房产原值均应包括地价，包括为取得土地使用权支付的价款、开发土地发生的成本费用等。宗地容积率低于0.5的，按照房产建筑面积的2倍计算土地面积并据此确定计入房产原值的地价。该企业宗地容积率＝1200÷3000＝0.4，低于0.5，计入房产原值的土地价款＝900×（1200×2÷3000）＝720（万元），该企业每年应缴纳的房产税＝（2000＋720）×（1－20%）×1.2%＝26.112（万元）。